Река Чвижепсе берёт начало на южном склоне Ачишхо на территории Кавказского государственного заповедника, в её верховьях расположен кордон Чвижепсинский. Протекая через Красную Поляну, река впадает в Мзымту в районе села Чвижепсе, знаменитого одноименными минеральными источниками с уникальным составом воды.
Длина реки составляет 19 км, а средняя глубина не превышает 1 метра, поэтому сплавы по Чвижепсе невозможны. Зато в ней водится форель, голавль, усач и другая рыба, типичная для водоёмов кавказских горных районов и предгорий. У реки Чвижепсе живописные берега, здесь можно встретить рододендрон понтийский. По всему течению через реку построено несколько мостов, но не все из них действующие.
В Чвижепсе, как и других горных реках Кавказа, в летний период снижается уровень воды, а во время обильных осадков достигает своего максимума. Являясь правым притоком Мзымты, Чвижепсе пополняет её воды.